U srednjem vijeku i ranom modernom razdoblju, Rijeka se razvila u lučki grad pod Habsburškom vladavinom. Rijeka nije mogla proširiti svoju trgovačku djelatnost iz razloga morske blokade mnogo jačih i razvijenijih susjeda Republike Venecije. Ta država – grad, na suprotnoj strani jadranske obale, proglasila je sebe gospodarom jadranskog područja, što se još nazivalo Golfo di Venetia. Luka Rijeka je bila korištena za male brodove koji plove uz obalu pod habsburškom vladom.
Novo razdoblje riječke povijesti počela je s Habsburškim carem Karlom IV., koji je zbog promjena u globalnoj politici stekao moć za prekidanje veneške dominacije i proglašavanje slobodne plovidbe u Jadranskom moru. 1717. godine proglasio je Trst i Rijeku slobodnim lukama. Trst i Rijeka su postale ključne luke za proširenje i jačanje Habsburške trgovačke politike, glavne luke za uvoz i izvoz, te poveznice sa svim mediteranskim lukama kao i s lukama ostatka svijeta. Charles IV. posjetio je Rijeku 1728. godine kako bi mogao pratiti kako se sam grad Rijeka i luka razvijaju. Kćer cara Karla, carica Maria Terezija, uspjela je doprijeti i dalje u razvijanju luka, 1776. godine ona je predložila gradu da se odvoji od Mađarsko- Hrvatske krune provedene od strane Habsburške obitelji. Rijeka je bila razvijena kao korpus, odvojena od Mađarskog sabora i predvodio ju je Mađarski plemić kao riječki guverner. To je bio početak ustanovljenja riječke autonomije. Prvi riječki guverner bio je Josephus Mailath od Szekely-a.
Glavna luka Rijeka sagrađena je na ušću rijeke Fiumara gdje su se mogli usidriti manji brodovi, dok su se veliki brodovi usidravali kod tvrđave grada. U drugoj polovici 18. stoljeća postojali su veliki planovi za gradnju i poboljšanje infrastructure unutar područja Fiumare. Problem je bila činjenica, da rijeka Rječina, posebice u zimskom i proljetnom razdoblju, donosi velike količine pijeska koji povećava dno rijeke i otežava uplovljavanje u luku Fiumare. Čišćenje i poboljšanje kvalitete luke bio je skup zadatak za izvođenje svake godine. Trebala su se pronaći nova rješenja. Ne obazirući se na to , Andrija Ljudevit Adamić, riječki poduzetnik počeo je s velikim ulaganjima u pomorske i trgovačke veze s ujedinjenim Kraljevstvom bez obzira na Francuske smetnje tijekom Napoleonovih ratova. Čak i tada, arhivski izvori pokazuju da je Rijeka imala intenzivne pomorske veza s osmanskim lukama na Mediteranu.
Nakon obnove mađarske vlade u Rijeci (1822.), kada je Rijeka Gubernium ponovno uspostavljena pod krunom St. Stephens (nakon Napoleonovih nevolje), mađarska vlada je pokazala veliki interes za Rijeku, pretvarajući je u glavnu luku za izvoz mađarski poljoprivredni proizvodi. To se dogodilo zajedno s rastom mađarske opozicije habsburškoj vlasti i jačanje ekonomske snage zbog oslobođenje za mađarske revolucionare. 1845. godine Lajos Kossutha, vođa mađarskih revolucionara (i vođe revolucije 1848/1849) došao je u Rijeku. Njegov glavni interes bio je istražiti mogućnost gradnje najkraćeg željezničkog puta između riječke luke i Mađarskih žitnica. U isto vrijeme, raspravljalo se o mogućnosti povećanja kapaciteta luke, obnoviti luku Fiumara ili izgraditi novi pristup na otvorenom moru u prednjem dijelu grada. Po planu francuskog inženjera Hillarona Pasquala, autora projekta nove luke u Marseillesu, 1840-ih godina počelo se s izgradnjom novog dijela riječke luke. Prvi koraci započeti su na području Piazza Szapáry, danas se ondje nalazi riječka tržnica i kazalište. Postavljene prve brane ubrzo su se proširile na područje gatova i započeti su prvi koraci izgradnje luke. To je bio potpuno novi pristup izgradnji te je Rijeka uz Trst i Marseilles bila prva luka u čijoj se izgradnji koristio novi pristup.
Mađarska revolucija i rat protiv Habsburga (1848-1849), zaustavio je planove za izgradnju željeznice između Rijeke i Budimpešte. Željeznica se konačno otvorila kasnije 1873. godine. U međuvremenu, Rijeka je izgubila veliki dio prometa koji je bio prebačen u Trst. Ipak je Mađarska vlada uložila veliki trud za poboljšanjem izgubljenog vremena i postavljaju Rijeku kao glavnu luku za cijeli istočni dio Austro-Ugarske Monarhije. Arhivski dokumenti dozvoljavaju nam da pratimo rast prometa Luke Rijeka do kraja 19. stoljeća. Mnoge važne tvrtke imale su svoje urede ovdje. Rijeka je postala glavna luka za iseljenike u novi svijet – Amerikance. Većina putnika koji su putovali iz Austro-Ugarske krajem 19.st i početkom 20.st u Ameriku, prošli su upravo kroz riječku luku. Hotel Emigrant sagrađen je u blizini luke, upravo iz razloga prihvaćanja tih specifičnih putnika. Britanska tvrtka Cunrad Line svojim je brodovima prevozila direktno iz Rijeke u New York dvaput mjesečno.
Nakon Prvog svjetskog rata, Rijeka je postala dio Kraljevine Italije, odsječena od svog prirodnog zaleđa i izolirana od ekonomskih veza na kraju ove nove domovine. To je uzrokovalo spor pad grada i degradaciju u provincijski grad. Na drugoj strani novo ustanovljene granice između Kraljevine Italije i Kraljevina Srba, Hrvata i Slovenaca, grad Sušak je rastao. Granicu je označavala Rječina, te je glavni dio lučke infrastrukture skupa s glavnom željeznicom i ostalim neophodnim infrastrukturama pripao Kraljevini Srba, Hrvata i Slovenaca. Tako je počeo rasti potencijal luke Sušak (Porto Baross), postajući glavna luka za nove zemlje i za zemlje Austro – Ugarskog Kraljevstva. Dok je Rijeka propadala, Sušak je rastao zahvaljujući vezama na svojem širokom zaleđu, koji su ga postavili kao glavna poveznica s ostalim morskim zemljama.
Na samom kraju Drugog svjetskog rata, saveznici su bombardirali luku Rijeka okupiranu od strane njemačkih nacista. Nakon oslobođenja 1945. godine, luka je ponovno obnovljena. Ujedinjenim gradovima Rijeci i Sušaku dozvoljeno je ponovno razvijanje luke pod Jugoslavenskom vladavinom te je Rijeka postala najveća i najbitnija luka.
Turbulentne godine na kraju 20.st ponovno uzrokuju pad luke Rijeka. Nezavisna Hrvatska prošla je kroz negativne procese privatizacije i transformacije ekonomskog sistema, što je također negativno utjecalo i na razvijanje i rad luke. Stara željeznica ipak nije bila dobra prometna poveznica i tako je još jednom Rijeka obrisana sa liste najvažnijih istočno Europskih izlaza na more.